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  Small RNA是一类长度在20～30nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA等。Small RNA能够调控基因的表达，在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色，甚至在等相关疾病形成过程中起着关键的作用。第二代高通量测序技术省去了烦琐的Small RNA克隆文库构建过程，可以一次性产生上百万条Small RNA序列，能够快速鉴定特定条件下表达的已知Small RNA并发现新的Small RNA，同时还可以研究不同条件下Small RNA的表达差异，并可以联合表达谱数据进行关联分析。